Descrição: Juan foi revelado nas divisões de base do Flamengo e, sem sombra de dúvida, foi o melhor zagueiro surgido na Gávea desde Aldair. Além de ser um zagueiro seguro na marcação, tanto nas bolas aéreas, como na cobertura dos laterais, Juan tinha uma excelente visão de jogo. Não foram raras as vezes em que, após desarmar um ataque do adversário, o zagueiro puxava os contra-ataques, carregando a bola sem problemas até a intermediária adversária.
Conquistou muitos títulos nos seis anos em que jogou no Flamengo, quando, após ser lançado no time profissional em 1996, jamais deixou de ser o titular da posição, e fez uma dupla inesquecível na zaga, ao lado de Gamarra. Infelizmente, em 2002, o Flamengo não mais conseguiu segurar o zagueiro e vendeu-o para o Bayer Leverkusen, da Alemanha. O talento de Juan também foi reconhecido pela comissão técnica da Seleção Brasileira, que a partir de 2001 passou a convocar o zagueiro para os jogos do Brasil. Desde 2004 foi titular absoluto da seleção, tendo disputado a Copa do Mundo de 2006.
Após anos de destaque no clube alemão, seguiu em 2007 para a Roma, da Itália, onde manteve o alto nível por alguns anos. Já veterano, em 2012 retornou ao Brasil, para atuar pelo Inernacional. Com a sua experiência, ajudou o Colorado a conquistar três títulos gaúchos e fazer boas campanhas no Brasileiro e na Libertadores.
No final de 2015 enfim retornou ao Flamengo para encerrar sua carreira. Foi reserva na maior parte da temporada 2016, mas conseguiu conquistar a titularidade ao longo de 2017, terminando o ano como um dos principais zagueiros do elenco. Em 2018 foi atrapalhado por algumas lesões, perdendo espaço. Encerrou a carreira pelo clube do coração em 2019, aos 40 anos, disputando alguns minutos da estreia do Campeonato Brasileiro contra o Cruzeiro.