Descrição: Apesar de carioca, o lateral começou a carreira profissional no Avaí, onde conquistou o Campeonato Catarinense. Depois rodou por alguns clubes de menor expressão, até se destacar pelo Mogi Mirim em 2011. Foi contratado pelo Guarani para a disputa da Série B, onde foi titular em grande parte da fraca campanha do time campineiro na competição. Retornou ao Mogi Mirim em 2012, sendo novamente um dos destaques do time no Campeonato Paulista. Acabou acertando com outro clube de Campinas, a Ponte Preta. Foi um dos destaques da Macaca no Campeonato Brasileiro, avaliado como um dos melhores laterais-esquerdos da competição.
No início de 2013 acabou acertando com o Flamengo, por empréstimo de 2 anos. Foi titular durante quase toda a temporada, mas perdeu a posição algum tempo depois da chegada de André Santos. Seguiu como opção de elenco para a temporada 2014. Com a queda de rendimento de André Santos e sua posterior saída do clube,
João Paulo voltou a ser titular, e chegou a dar algumas assistências para gols no Brasileiro. Mas em momento algum agradou a torcida, e deixou o clube ao final de seu contrato em dezembro.