Descrição: Juan começou sua carreira nas categorias de base do São Paulo. Muito cedo foi negociado como promessa com o Arsenal. No entanto, o lateral acabou perdendo a maior parte da temporada 2001 em virtude de grave lesão no joelho. Foi emprestado ao Milwall, da segunda divisão inglesa, para a temporada seguinte. Jogou apenas quatro partidas pelo novo time e retornou ao Arsenal. Em 2004 Juan assinou com o rival rubro-negro, Fluminense, e apenas formou o elenco campeão do Campeonato Carioca 2005.
Com isso, finalmente em 2006 cumpriria a sentença do destino, e se transferiu para o Flamengo. O primeiro bom resultado foi justamente a conquista da Copa do Brasil, título que havia perdido no ano anterior quando atuava pelo rival Fluminense. Tornou-se peça essencial para todas as conquistas rubro-negras desde a sua chegada. Foi assim por exemplo, na conquista do tricampeonato carioca consumado em 2009. Posteriormente participou também do título brasileiro no mesmo ano, mas sem demonstar o mesmo brilhantismo de outros tempos.
Em 2010 o jogador seguiu sem brilhar como no passado, e acabou se desgastando no clube e com a torcida a cada atuação abaixo da média. Acabou deixando o Flamengo no final do ano, após não chegar a um acordo para renovação de seu contrato, encerrando seu ciclo na Gávea.