Descrição: Promovido pelo Flamengo no ano de 2002, Jônatas chegou em um período de crise para o clube. Envolvido em um ambiente negativo, o meia não conseguiu emplacar e, por isso, seu futuro no Rubro-Negro permaneceu incerto durante um bom tempo. Contudo, em 2006, a situação começou a melhorar no Fla e aí o verdadeiro futebol de Jônatas apareceu. O volante foi considerado o "maestro" da equipe campeã da Copa do Brasil de 2006. Com muita habilidade na saída para o jogo, e com muita disposição na marcação, o então camisa 5 da Gávea começou a fazer sucesso. O Espanyol, de Barcelona, levou o apoiador para fora da Gávea, porém, ele acabou não dando certo na Espanha.
Acabou retornando ao Flamengo em 2008 com status de estrela, aplaudido pela imprensa e pela torcida rubro-negra, o jogador voltava ao clube do seu coração. No entanto, a situação favorável não se concretizou. Jônatas acabou amargando o banco de reservas. Assim, Jônatas se manteve treinando na Gávea, onde sempre foi querido pelos demais componentes do elenco, até o término do seu contrato em Julho de 2009. Ao sair do Mais Querido do Brasil, o volante acabou acertando sua ida para o Botafogo.