Descrição: Começou sua carreira no Desportivo Brasil. Se destacou em uma jogo válido pelo Campeonato Paulista Sub-17 em que o
Desportivo goleou o Taquaritinga por 7 a 0, em que Matheus marcou um gol e ainda deu quatro assistências. Tanto destaque lhe rendeu a atenção do Flamengo, que ainda em 2014 o contratou. Matheus foi um dos destaques na conquista do Torneio OPG de 2014. No ano seguinte disputou sua primeira Copa São Paulo de Júniores com apenas 17 anos.
Ainda em 2015, o meia teve sua primeira chance no time profissional sob o comando do técnico Luxemburgo, em um amistoso contra o Nacional do Uruguai. Na ocasião Matheus acabou aproveitando muito sua chance e marcando o segundo gol do Rubro-Negro na vitória por 2 a 0. Entrou também em alguns jogos do Estadual, logo marcando gols e mostrando o seu potencial. Em 2016 retornou aos juniores, ajudando o time na conquista da Copa São Paulo. Foi novamente promovido em 2017. Teve algumas oportunidades com Zé Ricardo, mas ficou marcado negativamente por um erro que resultou no 1º gol do San Lorenzo na derrota que eliminou o Flamengo precocemente da Libertadores 2017. Depois teve pouco espaço com Rueda, sendo emprestado no início de 2018 ao Estoril. Após seis meses e poucos jogos em Portugal, retornou ao Flamengo em junho. Se destacou numa vitória sobre o Botafogo, mas nos jogos seguintes não foi bem e logo perdeu espaço. Não permaneceu no Flamengo para a temporada seguinte.